Voici en partie une liste d'outils que propose Le JDN. En effet cette liste reste à améliorer tant les pistes d'optimisations sont grandes.

Majestic-SEO
LinkDiagnosis
Iwebtool
SearchStatus
Google Webmasters Tools
Google Trends
Google Insights for Search
Yoovi
Web sniffer
Validation de code HTML du W3C

Effectuez déjà ces premières étapes et je pourrais alors vous donner plus de pistes très prochainement. Pour ma part il me reste aussi du boulot :)

Allé juste un pour la route :
http://www.referencement-site-internet-eva.com/outils_referencement/referencement_gratuit.html

Pour soumettre un site aux annuaires gratuits dans le cadre de votre référencement, voici un outil de référencement manuel. Utile et efficace, l'outil permet d'ajouter un site sur une sélection de 8841 annuaires soumis à vos critères, annuaire gratuit, annuaire liens dur...
Alors ça donne quoi ?
Solutions moteurs de recherche